Θηλαστικά

Εντός των οροπεδίων της περιοχής εμβληματικά είδη θηλαστικών της Πίνδου όπως η αρκούδα (Ursus arctos) έχουν μόνιμη παρουσία στην περιοχή, ενώ ακόμη και αγριόγιδα (Rupicapra rupicapra) έχουν εντοπιστεί στα βράχια του γειτονικού βουνού Στούρος, σε πολύ μικρή απόσταση από το χωριό Ελαφότοπος. Επιπλέον ο λύκος (Canis lupus), το ζαρκάδι (Capreolus capreolus), το αγριογούρουνο (Sus scrofa) και η αγριόγατα (Felis sylvestris) παρουσιάζονται τακτικά εδώ, εμπεριστατωμένες δε αναφορές αφορούν παλαιότερες παρατηρήσεις ενός από τα σπανιότερα θηλαστικά της Ευρώπης, του βαλκανικού λύγκα (Lynx lynx martinoi).

Ορνιθοπανίδα

Αξιοσημείωτη είναι και η ποικιλία των ειδών της ορνιθοπανίδας των οροπεδίων: 143 είδη πουλιών από τα 187 που έχουν καταγραφεί ιστορικά σε ολόκληρη την περιοχή του Εθνικού Πάρκου της Βόρειας Πίνδου έχουν εντοπιστεί μόνο στην περιοχή των οροπεδίων και σε έκταση που αποτελεί ίσως και λιγότερο από το 2% του Εθνικού Πάρκου. Αρπακτικά πουλιά, όπως ο πετρίτης (Falco peregrinus), το πιο γρήγορο γεράκι του κόσμου κι ο εξαιρετικά εξειδικευμένος στην διατροφή του φιδαετός (Circaetus gallicus), αποτελούν τα περισσότερο εμβληματικά είδη της περιοχής, ενώ ο παγκοσμίως απειλούμενος με εξαφάνιση Ασπροπάρης (Neophron percnopterus) που τρέφεται με ψοφίμια και με τα 2 είδη χελώνας της περιοχής (Testudo hermanii και T.  marginata) μέχρι το 2008 φώλιαζε στο γειτονικό φαράγγι του Βίκου κι αναζητούσε τροφή στα λιβάδια των οροπεδίων.

Επιπλέον είδη των αγροτικών οικοσυστημάτων, όπως οι κεφαλάδες (Lanius spp.) παραμονεύουν στους θάμνους για ακρίδες, οι πελαργοί (Ciconia ciconia) τρέφονται το καλοκαίρι στα θερισμένα χωράφια ενώ το παγκοσμίως απειλούμενο κιρκινέζι (Falco naumanni) επισκέπτεται τους αγρούς κατά τη μετανάστευση.

Αμφίβια-Ερπετά

Η πανίδα των αμφιβίων και των ερπετών στην περιοχή του Ζαγορίου περιλαμβάνει 13 και 28 είδη αντίστοιχα, και θεωρείται από τις πλουσιότερες στον ελλαδικό χώρο. Σε αυτό συμβάλλουν τόσο η σημαντική ποικιλότητα των ενδιαιτημάτων όσο και των μικροκλιματικών χαρακτηριστικών της περιοχής. Στην περιοχή μπορεί να συναντήσει κανείς τον αλπικό τρίτωνα (Ichthyosaura alpestris) σε λιμνούλες των μεγαλύτερων υψομέτρων, σαλαμάνδρες (Salamandra salamandra) στα υγρά - φυλλοβόλα κυρίως - δάση, ενώ στις πολυάριθμες λούτσες και κανάλια των οροπεδίων αναπαράγονται ο κοινός και ο μακεδονικός τρίτωνας (Lissotriton vulgaris και Triturus macedonicus), ο δενδροβατραχος (Hyla arborea), καθώς και τα δύο είδη φρύνων (Pseudepidalea viridis και Bufo spinosus). Τέλος, στα ρυάκια και στους περιοδικούς χειμάρρους μπορεί κανείς να συναντήσει το γραικοβάτραχο (Rana graeca) και τη μπομπίνα (Bombina variegata).

Όσον αφορά στα ερπετά, χαρακτηριστικά είδη είναι η κερκυραϊκή σαύρα (Algyroides nigropunctatus), κοινή εντός και εκτός των οικισμών, στις ξερολιθιές και σε σκιερές συστάδες δέντρων, καθώς και το κονάκι (Anguis graeca), ενώ από φίδια μπορεί να συναντήσει κανείς το λαφιάτη (Elaphe quatuorlineatta), το λαφίτη του Ασκληπιού (Zamenis longissimus), δενδρογαλιές (Hierophis gemonensis και Dolichophis caspius), το σπιτόφιδο (Zamenis situla) και την οχιά (Vipera ammodytes).

Την ευρύτερη περιοχή του Εθνικού Δρυμού Βίκου –Αώου χαρακτηρίζει πλούσια χλωριδική ποικιλία. Πρόσφατες μελέτες αποδεικνύουν ότι μόνο στην οροσειρά της Τύμφης φύονται περισσότερα από 1.750 είδη και υποείδη φυτών, ενώ συστηματικές καταγραφές αποδεικνύουν ότι η περιοχή αποτελεί μια από τις σημαντικότερες περιοχές για την ελληνική και βαλκανική χλωρίδα. Το 1/4 (202) από τα γένη (taxa) που έχουν καταγραφεί εδώ χαρακτηρίζονται ως σημαντικά λόγω του ότι είναι ενδημικά. Πέντε από αυτά δεν απαντώνται πουθενά αλλού σε ολόκληρο τον πλανήτη κι άλλα είναι ενδημικά σε εθνικό ή βαλκανικό επίπεδο, έχουν περιορισμένη εξάπλωση στον ελλαδικό χώρο ή προστατεύονται από την εθνική ή τη διεθνή νομοθεσία.

Την ευρύτερη περιοχή του Εθνικού Δρυμού χαρακτηρίζει μεγάλη ποικιλία οικοτόπων και βλάστησης.

Ανεβαίνοντας από τα χαμηλότερα μέρη προς τις κορφές απαντούν είδη που βρίσκονται και κατά μήκος των ακτών της ηπειρωτικής χώρας όπως η αριά (Quercus ilex), η γλιστροκουμαριά (Arbutus andrachne) και η κοκκορεβυθιά (Pistacia terebinthus).Σε ψηλότερες περιοχές (700-1.100 μ.) αναπτύσσονται οικοσυστήματα αείφυλλων ή φυλλοβόλων δρυών (Quercus spp.). Ψηλότερα (1.000-1.600 μ.) υπάρχουν σπάνια δάση οξυάς (Fagus silvatica), ελάτης (Abies borisii regis) και κυρίως μαύρης πεύκης (Pinus nigra). Ακόμη ψηλότερα (πάνω από τα 1.600 μέτρα), το ρόμπολο (Pinus heldrechii) φύεται στα δασοόρια, πάνω από τα οποία οι εξαιρετικά δυσμενείς κλιματικές συνθήκες δεν επιτρέπουν την ανάπτυξη άλλων δασικών ειδών. Kατά μήκος των ρεμάτων δημιουργούνται εξαιρετικά παρόχθια οικοσυστήματα με κυρίαρχο είδος τα πλατάνια (Platanus orientalis), αναμεμειγμένα με σκλήθρα (Alnus glutinosa) και ιτιές (Salix spp.).